然而不可否认的是，“三农问题”仍然是中国全面发展的最短板。而且，城乡在经济、社会发展方面的差距越来越大。去年，尽管农民人均纯收入增长很快，但城乡居民收入比却扩大到3.33∶1，绝对差距达到9646元，是改革开放以来差距最大的一年。
同时，就在中国城市基础设施建设铺天盖地，城市面貌焕然一新的时候，农业、农村的基础设施却在日渐凋敝。
据中农办原主任段应碧的介绍，农业基础设施比如水利，许多地方还在吃“大跃进”时期的老本，不仅没有进步还在退步。整体而言，全国有57%的耕地没有灌溉设施，八万多座水库中现在还有两万七千多座水库处于年久失修状态，农业靠天吃饭的局面没有改变。这与中央倡导的现代化农业发展相差甚远。
而农村基础设施则更脆弱，欠账更多。段说，到现在为止，中国9亿农民中还有2.6亿人存在着饮水困难、饮用水不安全问题，还有740多万人口没用上电，9万来个行政村至今不通公路。农村生态环境还处于局部改善、总体恶化的局面。
出现这种差距的主要原因是制度歧视。多年以来，国民财政支出用于“三农”的支出绝对值在增加，但比例却在下降。根据中国农业大学校长柯炳生的计算，中央“三农”支出从1996年的774亿元增加到2006年的3397亿元，但由于增长幅度赶不上财政收入的增长幅度，因此，中央“三农”支出在整个中央财政总收入中所占的比重从1996年的21.1%下降到2006年的16.6%。
此外，如果说中国是两个中国——城市和农村——的话，那么过去几十年来中国城市的繁荣其实是建立在农村的三大市场要素（劳动力、资金和土地）对城市的补贴或倒贴之上。农村2亿多青壮年农民在为城市奉献廉价劳动力的同时，在教育、医疗、养老等各个方面却享受不到和市民同等的权利；收入较低的农民本来攒钱就不易，然而当他们省出来的钱存入银行的时候，这笔储蓄中每年有四五千亿倒流城市，而农民自己却很难贷到款，因此也失去了增收和发展的机会。而1990年代以来，随着城市化以及房地产市场的繁荣，农村最后一块肥肉就是土地。不可再生的、稀缺的土地即使在“最严格的耕地保护制度”之下，仍然在快速流失：过去11年间减少了1.25亿亩，相当于少了一个农业大省的耕地。
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